生态结构是生态系统的基础组成部分，涉及生态系统中各种生物种类的数量、空间配置及时间变化等方面的特点和不同功效。它是生态系统中物质、能量循环转移的途径，同时也是人类可以有效控制和构建的生物群种结构。

地域连续性

生态系统存在和长久维持的关键在于其分布地域的连续性。研究表明，岛屿生态系统通常较为不稳定，因为它们与外部世界的物质和基因交换受限，对外部干扰的抵抗力较弱，且恢复能力较差。随着人类活动的发展，越来越多的土地被开发，野生生物的生境被分割成小型孤立区域，这使得生态系统变得容易受到干扰和破坏。尽管已经建立了多个自然保护区，但由于这些保护区通常是岛屿状生境，难以维持生物多样性的长期存在。

物种多样性

物种多样性是生态系统多样性和稳定性的基石。物种与生态系统整体性的关系，可用Ehrlichs的“铆钉”去除理论作出形象的说明：当从飞机机翼上选择适当的位置拔掉一个或几个铆钉时，造成的影响可能是微不足道的；当铆钉被一个接一个地拔去时，危险就逐渐逼近；每一个铆钉的拔除都增加了下一个铆钉断裂的危险，当铆钉被拔到一定程度时，飞机必然突然解体。例如，在中国热带雨林中，砍伐最高大的望天树会对其他依赖于它的树木产生严重影响。

生物组成协调性

生态系统中各生物间的协调关系对其稳定性和平衡至关重要。例如，澳大利亚引入野兔导致的野兔泛滥，以及美国科罗拉多州消灭狼导致的鹿群过度增长使草原遭致破坏，都显示了这种协调关系的重要性。此外，一些特定食性动物的食物来源也需要得到保护，以免影响生态平衡。

环境条件匹配性

生态系统结构的完整性还包括非生命环境因子的匹配性，如土壤、水和植被。其中，水分供应的充足性和均匀性对生态系统尤为重要。土壤成分、结构和有机质含量等因素也会显著影响生态系统。同时，生态过程中物质循环和能量流动的持续性也是生态系统健康的关键。

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